Rémunération en SEL : comprendre le nouveau régime fiscal des associés

La rémunération en SEL est devenue un sujet central pour les professionnels de santé libéraux exerçant en société d’exercice libéral. Depuis le changement applicable aux revenus perçus à compter de 2024, les associés doivent distinguer plus précisément la rémunération liée à leur activité professionnelle de celle versée au titre de leurs fonctions de direction.

Cette évolution concerne notamment les médecins, chirurgiens-dentistes, pharmaciens, infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes et autres professionnels exerçant en SELARL, SELAS ou autre forme de société d’exercice. Selon la nature de la rémunération, les revenus peuvent relever des BNC, des traitements et salaires, ou de l’article 62 du CGI.

À retenir :

• La rémunération SEL doit être distinguée entre rémunération technique et rémunération de direction.

• La rémunération technique des associés de SEL relève en principe des BNC depuis les revenus 2024.

• La rémunération du gérant majoritaire de SELARL peut relever de l’article 62 du CGI pour la part liée au mandat social.

• Les traitements et salaires ne s’appliquent que si un véritable lien de subordination est caractérisé.

• Le changement de régime impose un suivi comptable, fiscal et social plus précis.

• La SEL reste un outil de pilotage de la rémunération, de capitalisation et de transmission.

Pourquoi la rémunération des associés de SEL a changé ?

Pendant longtemps, les rémunérations de l’associé de SEL ont fréquemment été traitées comme des revenus assimilés à des salaires ou, pour le gérant majoritaire de SELARL, comme des revenus relevant de l’article 62 du CGI.

Cette approche avait l’avantage d’une certaine simplicité, mais elle ne correspondait pas toujours à la nature réelle de l’activité exercée par les associés dans la structure.

L’administration fiscale a fait évoluer sa doctrine. Les rémunérations perçues par les associés de SEL au titre de leur activité libérale relèvent désormais en principe des BNC, sauf lorsqu’un lien de subordination avec la société peut être établi.

Le BOFiP précise que les anciennes solutions doctrinales qui rattachaient ces rémunérations aux traitements et salaires ou à l’article 62 du CGI ne sont plus applicables à compter de l’imposition des revenus de l’année 2024.

Cette solution s’appuie sur la définition des bénéfices non commerciaux prévue à l’article 92 du CGI. Ce texte vise notamment les bénéfices des professions libérales et les revenus assimilés aux bénéfices non commerciaux lorsqu’ils ne se rattachent pas à une autre catégorie de bénéfices ou de revenus. (legifrance.gouv.fr)

La réforme ne supprime pas l’intérêt de la SEL. Elle oblige toutefois les professionnels à mieux documenter leur mode d’exercice, leurs fonctions, leur rémunération et le traitement fiscal retenu. En pratique, la SEL reste un outil de pilotage, mais elle demande une organisation plus rigoureuse.

Comment distinguer rémunération technique, gérance et salaires ?

La nouvelle lecture repose sur une distinction essentielle entre la rémunération technique et la rémunération liée aux fonctions de direction.

La rémunération technique correspond à la rémunération versée à l’associé pour l’exercice concret de sa profession. Pour un médecin, il peut s’agir des consultations, actes médicaux, prescriptions ou suivis de patients. Pour un chirurgien-dentiste, il peut s’agir des soins, actes prothétiques ou chirurgicaux.

Pour un pharmacien ou un auxiliaire médical, il s’agit également de l’activité professionnelle exercée dans le cadre de la société.

Cette rémunération technique relève en principe des BNC. Elle correspond à l’activité libérale personnelle de l’associé, même si cette activité est exercée dans une structure soumise à l’impôt sur les sociétés.

La rémunération de direction correspond, quant à elle, aux sommes perçues au titre du mandat social : gestion de la société, convocation des assemblées, représentation de la structure, relations avec les associés, suivi des obligations juridiques, décisions de direction ou organisation administrative.

Cette rémunération peut relever des traitements et salaires ou de l’article 62 du CGI, selon la forme sociale et le statut du dirigeant. Le BOFiP rappelle que les rémunérations relevant de l’article 62 du CGI sont celles expressément visées par ce texte, notamment certaines rémunérations de dirigeants de sociétés. (bofip.impots.gouv.fr)

Le cas du gérant majoritaire de SELARL

Le gérant majoritaire de SELARL doit analyser sa rémunération en deux parties. La part liée à son activité professionnelle relève en principe des BNC. La part correspondant à ses fonctions de gérant relève de l’article 62 du CGI, lorsqu’elle rémunère effectivement le mandat social.

Cette distinction doit être opérée avec sérieux. Il ne suffit pas d’inscrire une répartition dans un procès-verbal ou dans un document interne. Encore faut-il que cette répartition corresponde à la réalité de l’organisation de la société, au temps consacré à la direction, aux responsabilités assumées et aux décisions prises par le gérant.

En pratique, il est fréquent de distinguer une rémunération principale liée à l’activité libérale et une rémunération accessoire liée à la direction. Toutefois, aucune ventilation ne doit être appliquée mécaniquement.

La répartition doit rester cohérente avec la taille de la structure, le nombre d’associés, le volume administratif, le personnel employé, les investissements et les responsabilités réelles du dirigeant.

Le cas des associés non dirigeants

Pour les associés de SEL qui ne sont pas dirigeants, la logique est plus directe. Lorsque l’associé exerce son activité professionnelle dans la SEL sans mandat social, sa rémunération relève en principe des BNC.

Elle ne peut être imposée en traitements et salaires que si un véritable lien de subordination est établi. Le BOFiP précise que l’existence d’un tel lien justifie, par exception, l’imposition dans la catégorie des traitements et salaires. (bofip.impots.gouv.fr)

Ce lien suppose en pratique l’existence de directives précises, d’un contrôle hiérarchique et d’un pouvoir disciplinaire. Cette situation reste rare pour des professionnels libéraux associés, car leur indépendance professionnelle demeure un élément fondamental de leur mode d’exercice.

Quelles conséquences fiscales, sociales et comptables ?

Le rattachement de la rémunération technique aux BNC entraîne des conséquences concrètes. L’associé doit assurer un suivi comptable adapté, déclarer correctement ses revenus et identifier les frais professionnels déductibles.

Les charges supportées personnellement pour l’exercice de l’activité peuvent, sous conditions, être prises en compte dans la détermination du résultat imposable.

Le BOFiP précise que, dès lors que les rémunérations des associés de SEL sont imposées dans la catégorie des BNC, les charges déductibles sont celles admises dans les conditions de droit commun.

L’article 93 du CGI retient, pour la détermination du bénéfice imposable, l’excédent des recettes totales sur les dépenses nécessitées par l’exercice de la profession. (bofip.impots.gouv.fr)

Cela suppose un suivi précis des frais, cotisations, contrats de prévoyance ou de retraite, dépenses de formation, frais de déplacement, matériel professionnel et autres dépenses utiles à l’activité.

Le compte courant d’associé doit également être suivi avec attention, afin d’éviter toute confusion entre les flux personnels, les flux professionnels et les flux de la société.

Le régime micro-BNC peut être possible pour certains associés de SEL si les seuils sont respectés. Toutefois, ce régime fiscal n’est pas toujours adapté aux professionnels de santé. En effet, il ne permet pas de déduire les charges réelles lorsque celles-ci sont importantes.

Pour un praticien supportant des cotisations, des frais de conseil, des frais de formation ou des dépenses professionnelles significatives, la déclaration contrôlée peut être plus pertinente.

La réforme sociale à intégrer

La rémunération en SEL ne doit pas être analysée uniquement sous l’angle de l’imposition. Le volet social est tout aussi important.

Le décret n° 2024-688 du 5 juillet 2024 a fixé de nouvelles modalités de calcul des cotisations et contributions sociales des travailleurs indépendants. (legifrance.gouv.fr)

Ces nouvelles règles s’appliquent notamment aux périodes courant à compter du 1er janvier 2025 pour les travailleurs indépendants non agricoles. (legifrance.gouv.fr)

Elles doivent donc être intégrées dans les simulations de rémunération, en particulier pour les associés relevant du régime social des travailleurs non-salariés.

Cette évolution renforce l’importance d’une simulation personnalisée. Le niveau optimal de rémunération ne dépend pas seulement de l’impôt sur le revenu.

Il dépend aussi des cotisations sociales, des droits sociaux associés, du besoin de trésorerie personnelle, de la capacité d’épargne dans la SEL et de la stratégie patrimoniale du professionnel.

SEL, BNC ou entrepreneur individuel à l’IS : quel arbitrage ?

La SEL reste un outil de pilotage. En BNC classique, le professionnel supporte une fiscalité souvent qualifiée de passive : il est imposé sur son bénéfice, même s’il ne prélève pas toute la trésorerie générée par son activité.

En société, la logique change. Le professionnel choisit le montant de sa rémunération, peut laisser une partie de la trésorerie dans la structure et supporte l’impôt sur les sociétés sur le résultat non distribué.

La SEL permet ainsi une stratégie de capitalisation, d’investissement et de transmission.

Depuis la réforme du statut de l’entrepreneur individuel, certains professionnels peuvent également s’interroger sur l’option pour l’impôt sur les sociétés sans création d’une SEL.

Cette solution constitue une alternative à comparer avec prudence, car elle ne répond pas aux mêmes objectifs juridiques, patrimoniaux et professionnels qu’une société d’exercice libéral.

La rémunération des associés de SEL doit donc être intégrée dans une stratégie globale. Il faut arbitrer entre rémunération, dividendes, trésorerie conservée dans la société, investissements, protection du patrimoine, cotisations sociales et objectifs personnels.

La bonne solution n’est pas seulement celle qui diminue l’impôt à court terme. C’est celle qui reste cohérente avec l’organisation professionnelle et les projets du praticien.